Vergi Usul Kanunu’nun 3’üncü maddesinde vergi kanunlarının uygulanmasına dair ilke ile verginin kaynağını oluşturan vergiyi doğuran olay ve bu olaya ilişkin işlemlerin gerçek mahiyetinin esas olduğu hükme bağlanmıştır.

Vergi kanunlarının uygulanmasına dair ilke, kanunların “lafz” olarak betimlenen yazılı durumları ile “ruh” olarak betimlenen hükmün maksadı, kanun yapısındaki yeri ve diğer hükümlerle ilişkisi çerçevesinde belirlenmiştir. Maddede vergi kanunlarının lafzı ve ruhu ile hüküm ifade edeceği,  lafzın açık olmadığı durumda ruha göre uygulama yapılacağı belirtilmiştir. Buna göre kanunların uygulanmasında öncelik lafz olup, lafzın açık olmadığı, uygulama açısından tereddüt yarattığı durumda hükmün ruhunu temsil eden ölçütlere göre uygulama yapılacaktır.

İspata dair ilke, vergiyi doğuran olayın ve bu olaya dair işlemlerin gerçek mahiyetinin esas alınması olarak hükme bağlanmıştır. Gerçek mahiyet kanunda tanımlanmış değildir. Gerçek mahiyetin, vergiyi doğuran olay ve bu olaya dair işlemlerin görünen durumları ile bu olay ve işlemlere dair irade arasındaki tutarlık, uyum olarak değerlendirilmesi mümkündür. Gerçek mahiyetin belirlenmesinde yemin dışında her türlü delilin kullanılabileceği de maddede hükme bağlanmıştır.

İspat yönünden maddenin son fıkrasında bir yükümlülük ölçütü gösterilmiştir. Ölçüt, iktisadi, ticari, teknik gereklere uygunluk ile olayın özelliği çerçevesinde normal ve alışıldık olup olmamadır. Bu ölçütün işlevi, vergiyi doğuran olayın gerçek mahiyetinin belirlenmesi sürecinde ortaya çıkmaktadır. Vergiyi doğuran olaya ilişkin değerlendirmede, gerek vergi idaresi gerekse mükellef yönünden gerçek mahiyetten hareketle olması gerekene dair iddialarda bulunulabilir. Bu iddialar ilke olarak vergi idaresi yönünden vergi yükümlülüğünün daha yüksek olması gerektiğine, mükellef yönünden daha düşük olması gerektiğine ilişkin olabilir. Bu aşamada iddia olunan durumun ispatı gereklidir. İspat yükümlülüğünün tarafı, iddia edilen durumun iktisadi, ticari, teknik gereklere uygun olup olmamasına, olayın özelliğine göre normal ve alışıldık olup olmamasına göre değişir. Eğer söz konusu ölçütlere uymayan bir durum iddia olunmakta ise ispat iddia eden tarafın yükümlülüğü olacaktır. Diğer taraftan iddia edilen durumun söz konusu ölçütlere uygunluğu söz konusu ise iddia edenin ispat yükümlülüğü olmayacak, ancak bu iddiaya katılmayan tarafın iddianın ölçütlere uygun olmadığına dair ispat çalışması olabilecektir.

Vergi Usul Kanununun 3’üncü maddesindeki ispat ilkesi, vergilendirmeyi etkileyen bir kısım işlemlerin olduğundan farklı gösterilerek vergi matrahının veya olması gereken vergi yükümlülüğünün daha düşük belirlenmesine dair mükellef iradesinin aşılması esas olmak üzere vergi yükümlülüklerini etkileyen işlemlerin örtülmesine dair iradelerin caydırılmasına da etki edebilecek bir ilkedir. Vergi alacağının kaynağını oluşturan vergiyi doğuran olayın gerçek mahiyetini önceleyen ilke, hukuk ilkelerine uyarlı olarak, vergilendirmede de iradenin öne çıkarılması gerektiğine, zahiri(görünen) ile gerçek irade uyumunun vergi yükümlülüklerinin belirlenmesinde de ölçülmesinin vergi alacağının korunması yönünden esas alındığına dair önemli bir esası oluşturmaktadır. Bu durum mükellef hakları yönünden de geçerlidir. Vergiyi doğuran olay için hukukun öngördüğü vergilendirmenin ya da vergi yükümlülüğünün, gerçek mahiyet ortaya konulduğunda mükellef lehine de değişebileceği durumlar söz konusu olabilir.

Vergi kanunlarının uygulanmasına ilişkin lafz ve ruh ilkesinin de, hukukun amacının netlikle ortaya konulması yönünden önemli bir ilke olduğu görülmektedir. Bu ilke ile vergilendirmede kanunların uygulanması yoluyla neden olunabilecek hukuka aykırılık durumlarının asgariye indirilmesi hedeflenmektedir. Kanunların yapılış dönemleri itibariyle tüm amacın açıklıkla ortaya konulması mümkün olmayabilmektedir. Bu aşamada kanunun ve hükümlerinin yukarıda yer verilen uygulama ilkesi ölçütleriyle en geniş çerçevede değerlendirilerek en az uygulama hatasına neden olacak şekilde yorumlanması, hükmün amacının açıklanarak vergilendirmede kullanılması hukukun üstünlüğü yönünden de önemsenmesi gereken bir ilkedir.