Vergi incelemesinin nasıl yapılacağı, inceleme aşamasında uyulacak hususlar ve inceleme sonucu düzenlenecek raporlarda dikkat edilecek hususlar Vergi Usul Kanunun 134. maddesinde açıkça belirtilmiştir. "İncelemede uyulacak esaslar" başlıklı 140. maddenin 5 numaralı bendinde ise vergi incelemesi yapanların vergi kanunları ile ilgili kararname, tüzük, yönetmelik, genel tebliğ ve sirkülere aykırı vergi inceleme raporu düzenleyemeyecekleri, ancak, bu düzenlemelerin vergi kanunlarına aykırı olduğu kanaatine varırlarsa bu hususu bağlı oldukları birimler aracılığıyla Gelir İdaresi Başkanlığına düzenleyecekleri bir rapor ile bildirecekleri hüküm altına alınmıştır.

Diğer taraftan, ilgili maddenin ikinci ve dördüncü fıkrasında ise vergi inceleme yetkisine sahip olanlar tarafından düzenlenen raporların rapor değerlendirme komisyonları tarafından vergi kanunları ile bunlara ilişkin kararname, tüzük, yönetmelik, genel tebliğ, sirküler ve özelgelere uygunluğu yönünden değerlendirileceği belirtilmiştir.

Söz konusu kanun maddesinin uygulamasına yönelik olarak 425 seri nolu Vergi Usul Kanunu Genel Tebliği yayımlanmıştır.

Tebliğde yapılan açıklamalar aşağıdaki gibidir.

- Vergi incelemesi yapmaya yetkili olanlar inceleme neticesinde tanzim edecekleri raporlarda vergi kanunlarıyla ilgili kararname, tüzük, yönetmelik, genel tebliğ ve sirkülere aykırı hususlara yer veremeyecekler, dolayısıyla da bu düzenlemelere aykırı olarak tarhiyat öneremeyecekler, ancak, bu raporların intikal ettirildiği Merkezi Rapor Değerlendirme Komisyonu ile diğer rapor değerlendirme komisyonları, raporları değerlendirirken yukarıda zikredilen mevzuata ilave olarak Gelir İdaresi Başkanlığınca verilmiş olan özelgelere uygunluk kıstasını da tatbik edeceklerdir.

- Rapor değerlendirme komisyonları raporları özelgelere uygunluk yönünden değerlendirirken eleştiri konusu yapılan hususla ilgili olan ve Gelir İdaresi Başkanlığınca verilmiş özelgeleri dikkate alacak ve varsa adına rapor düzenlenen mükellefe verilmiş özelge ile sınırlı kalmayacaktır. Raporda, özelgede yer alan görüş aksine bir tenkit varsa rapor olumsuz değerlendirmeye konu edilecek ve Rapor Değerlendirme Komisyonlarının Oluşturulması ile Çalışma Usul ve Esasları Hakkında Yönetmelik'in ilgili hükümlerine göre işlem yapılacaktır. Olumsuz değerlendirmenin yapılabilmesi için özelgede yer alan görüşün tam olarak raporda tenkit edilen konuyla ilgili olması, diğer bir ifadeyle verilen izahatın aynı durumda olan tüm mükellefler bakımından uygulanabilir olması gereklidir. Ayrıca, rapor değerlendirme komisyonunun dikkate alacağı özelgenin ilgili konuda Gelir İdaresi Başkanlığınca verilmiş en güncel özelge olması gerekmektedir.

- Rapor değerlendirme komisyonlarının bir özelgenin 369’uncu maddenin birinci fıkrası kapsamında olduğu kanaatine varmaları hâlinde özelgenin değerlendirilmesi amacıyla 140’ıncı maddenin dördüncü fıkrasında yer alan komisyon teşkil edilecek ve değerlendirme neticesinde verilen karar ilgili rapor değerlendirme komisyonu ile incelemeye yetkili olanı bağlayacaktır.

Yukarıda yer alan ifadelerden de görüldüğü üzere, Gelir İdaresi Başkanlığı’nın vermiş olduğu özelgeler hem vergi incelemesi yapmaya yetkili olanları, hem de rapor değerlendirme komisyonlarını bağlamaktadır. Ancak, özelgelerin kişiye özel verilmiş olan açıklayıcı işlemler olması, halihazırda verilmiş olan özelgelerin neler olduğu ve verilmiş olan tüm özelgelerin incelemeye yetkili olanlar, mükellefler yada rapor değerlendirme komisyonları tarafından  nerede ve nasıl takip edileceği konusundaki belirsizlikler olması ve tüm mükellefleri bağlayıp bağlamadığı husus uygulamada tereddütler doğmasına sebep olacaktır.

Nitekim bu tereddütlerin bir kısmını Gelir İdaresi Başkanlığı’da görerek 02.04.2013 tarihinde 63 nolu Vergi Usul Kanunu Sirküleri’ni yayımlamıştır. Söz konusu sirkülerde; 425 Sıra Numaralı Vergi Usul Kanunu Genel Tebliğinin muhtevasına dair izahata ihtiyaç duyulduğu belirtilmiştir.

Sirkülerde yapılan açıklamalar ile vergi inceleme raporlarının intikal ettirildiği Merkezi Rapor Değerlendirme Komisyonu ile diğer rapor değerlendirme komisyonlarının, vergi inceleme raporlarım değerlendirirken Gelir İdaresi Başkanlığınca verilmiş olan özelgelere uygunluk kıstasında 213 sayılı Kanunun 413’üncü maddesinin üçüncü fıkrasında hüküm altına alınan komisyon marifetiyle oluşturulan özelgeler açışsından dikkate alınacağı belirtilmiştir.

 Ayrıca, söz konusu komisyon tarafından oluşturulmuş sirküler veya özelgeler ile konu, kapsam ve ilgili olduğu mevzuat bakımından tamamen aynı mahiyeti taşıyan bir hususta sirküler veya özelgelere uygun olarak Gelir İdaresi Başkanlığı taşra teşkilatı tarafından doğrudan verilen özelgelerin de bu kapsamda olduğu belirtilmiştir.

Görüldüğü üzere, rapor değerlendirme komisyonları tarafından dikkate alınacak olan özelgelerin Gelir İdaresi Başkanlığı bünyesinde, Gelir İdaresi Başkanı veya tevkil edeceği bir başkan yardımcısının başkanlığında en az üç daire başkanından müteşekkil bir komisyon marifetiyle verilmiş olan özelgeler olacağı 63 nolu Sirkülerle belirtilmiştir.  Dolayısıyla bu komisyon tarafından verilmemiş olan özelgeler (eski tarihli özelgeler) ile Gelir İdaresi’nin taşra teşkilatı tarafından verilmiş olup, bu komisyon tarafından oluşturulmuş olan özelgelerle kapsam ve ilgili olduğu mevzuat bakımından tamamen aynı mahiyeti taşımayan özelgeler rapor değerlendirme komisyonları tarafından dikkate alınmayacaktır.

Diğer bir husus ise; özelgelerin rapor değerlendirme komisyonu açısından bağlayıcı olmasının vergi incelemesi yapmaya yetkili olanlar açısından da bağlayıcı olacağı sonucunu doğurmaktadır. Kanun maddesi ve tebliğe bakıldığında bağlayıcılığın sadece rapor değerlendirme komisyonu açısından olduğu incelemeye yetkili olanları bağlamadığı gibi bir durum ortaya çıkmakta. Ancak incelemeye yetkili kişi özelgeye aykırı rapor yazsa bile bu rapor, RDK tarafından olumsuz değerlendirilerek düzeltilmesi istenecektir.  Dolayısıyla incelemeye yetkili olanlar da bu hususa dolaylı olarak uymak zorunda kalacaklardır. Yasal olarak doğrudan böyle bir zorunluluğu olmayan inceleme elemanı, rapor değerlendirme komisyonunun bu yetkisini rapor aşamasında (özelgeye uygun rapor yazarak) kullanarak (dolaylı olarak kullanmak zorunda kalarak) bir işlemi gerçekleştirmiş olacaktır.

Ayrıca, verilmiş olan özelgelerin tüm mükellefler açısından uyulması zorunlu hükümler getirip getirmediği konusunda net bir hüküm bulunmadığından, mükelleflerin verilmiş olan özelgelere göre işlem yapmalarının ihtiyari mi yoksa zorunlu mu olduğu yönünde tereddütler doğması da muhtemeldir. Bu durumun vergi incelemesinde yaratacağı olumlu yada olumsuz etkinin neye göre değerlendirileceği de uzun vadede sorun yaratabilecektir. Bu bağlamda, mükellefleri doğrudan ilgilendiren hususların özelge ve sirkülerlerle çözümü yerine tüm mükelleflerin bilgi sahibi olabileceği, bağlayıcı hükümler içeren tebliğler ile düzenlemeler yapılması doğabilecek olan sorunlar açısından daha sağlıklı olacaktır.