Kurumlar Vergisi Kanunun 8. maddesi’nde ve geçici maddelerinde yer alan istisnaların bir bölümü kazanç istisnası niteliği taşımaktadır. Kazanç istisnalarının özelliği gereği istisna kazancın kendisine tanındığı için kurum kazancının yeterli olmaması halinde de istisna uygulanmakta ve istisna uygulaması sonucu sonraki yıllara devreden mali zarar ortaya çıkmaktadır. Kurumlar vergisi beyannamelerinin düzenlenişi de bu görüşe göre yapılmıştır. Vergi idaresi uygulamada kazanç istisnaların özelliğini dikkate alarak, kazancın tamamı istisnadan yararlandığı ve kurum kazancının yeterli olmaması nedeniyle yararlanılamayan istisna tutarı mali zarar olarak sonraki yıllara devrettiği için kurumlar vergisinden istisna kazançlarla ilgili stopaj (GVK 94/6-b) istisna kazancın tamamı üzerinden yapılmaktadır. Bunun sonucu olarak kurum zararlı durumda bulunsa bile istisna kazançlarla ilgili stopajı ödemek zorunda kalıyordu. Daha önceki yasal düzenlemelerde aynı şekilde yapılmıştı. Vergi İdaresi bu konudaki görüşünü ilk önce 135 Seri Numaralı Gelir Vergisi Kanunu Genel Tebliği’nde açıklamıştır. Daha sonra yapılan yasal değişikliklere rağmen Vergi İdaresi bu konudaki görüşünü değiştirmemiştir. 4369 sayılı kanunla yapılan değişiklikle stopaj uygulamasının mahiyeti değişmiş bulunmakla birlikte aksi yönde bir düzenleme yapılmadığı için Vergi İdaresi eski uygulamayı sürdürmüştür. Bu konuda yargının görüşü de kazanç istisnalarında stopajın istisna kazancın tamamı üzerinden yapılacağı şeklindeki vergi idaresi görüşüne uygun olmuştur.