Bilindiği üzere, mükellefin veya sorumlunun vergilendirme ile ilgili ödevlerini zamanında yerine getirmemesi veya eksik yerine getirmesi yüzünden verginin zamanında tahakkuk ettirilmemesi veya eksik tahakkuk ettirilmesi vergi ziyaı cezasını gerektirmektedir. Söz konusu cezanın ne olduğu Vergi Usul Kanunu’nun 344’üncü maddesiyle düzenlenmiştir. Vergi ziyaı cezasının ne şekilde uygulanacağına ilişkin düzenleme yazının ilerleyen bölümlerinde açıklanan gerekçelerle Anayasa Mahkemesi’nin 20.10.2005 gün ve 25972 sayılı R.G.’ de yayımlanan E.2001/3, K.2005/4 sayılı Kararı ile 20.04.2006 tarihinden geçerli olmak üzere iptal edilmiştir. Bu iptal kararı nedeniyle 5479 sayılı Kanunun 12 ve 13’üncü maddeleri ile vergi ziyaı cezasının ne şekilde hesaplanacağı yeniden düzenlenmiştir. Bu durum, söz konusu değişikliğin yapıldığı tarihten önceki dönemlerle ilgili olarak ortaya çıkacak vergi ziyaı suçlarına bir vergi ziyaı cezası uygulanıp uygulanmayacağı veya uygulanacak ise ne şekilde uygulanacağı tartışmalarını yaratmıştır. Bu yazıda söz konusu tartışmalara açıklık getirilmeye çalışılacaktır.