Transfer fiyatlandırmasında uygulanacak fiyatlandırma yönteminin seçimi kadar, bu yöntemlerde karşılaştırmada kullanılacak kar ve karlılık göstergelerinin, karşılaştırılabilir olup olmadığı da sağlıklı bir sonuca ulaşılabilmesi için önemlidir. Kar ve brüt ve net kar marjları gibi karlılık göstergeleri, uygulanan muhasebe sistemi ve uygulamalarından etkilenebilmektedir. Seçilen emsal işlem ya da işletme karşılaştırılabilirlik faktörlerini tam olarak karşılasa bile, başka bir araştırma yapılmadan, kar ve karlılık göstergelerinin olduğu gibi kullanılması yanlış sonuçlar doğuracaktır. Özellikle; şu anda Türkiye’de uygulanan Türk Tek Düzen Muhasebe Sistemi (TDMS) ile gelişmiş ülkelerde kullanılan UFRS arasında, farklılıklar olup, bu farklılıklar, kar ya da karlılık göstergelerini etkileyecek niteliktedir. Aynı ya da benzeri işlemleri aynı fiyatlarla yapmış olsalar da, kar ve karlılık göstergeleri aynı olmayabilecektir. Bu nedenle, özellikle yabancı emsallerin araştırılmasında ve yerli emsallerde de mevzuat gereğince sistem değişikliğine gidildiğinde, yapılacak karşılaştırmalarda bu hususun göz önünde bulundurulması, muhasebe sistem ve uygulamalarının uyum içinde olduğundan emin olmadıkça bu emsallerin, kullanılmasından kaçınılmalıdır.
To achieve reliable transfer pricing results, understanding the comparability of profit and other profit indicators, i.e. gross and net profit margins, is as important as the choice of transfer pricing method to be applied. Because profit indicators can be effected by the accounting system and applications, the usage of profit indicators as they are without performing any further research may return misleading results even if the comparable transactions or enterprises chosen are perfectly in conformity with comparability factors. In particular, differences between Turkish Accounting Standards applied by Turkish taxpayers nowadays and IFRS applied in most developed countries may effect the profit or the profit indicators. Even if, the same or very similar transactions are conducted under the same or very similar conditions with the same or very similar prices ; if the accounting system and applications are not conformity each other, then the profit or profit indicators will not be similar. Therefore, research of foreign comparables and choice of accounting year for domestic comparables (due to changing accounting standards) should be taken into account. If it is not clear that accounting standards and applications are in conformity with each other, then usage of these comparables should be avoided.