KDV uygulaması bakımından istisna içeren düzenlemelere 2006/112 sayılı Direktif’in çeşitli maddelerinde yer verilmiştir. İstisnaları düzenleyen bu madde hükümleri bir bütün olarak incelediğinde, üye devletlerin bazı istisnaları uygulamak zorunda bırakıldığı, bazı istisnaları uygulayıp uygulamama konusunda ise devletlere serbesti tanındığı görülmektedir. İstisna uygulaması açısından bu noktada yapılabilecek diğer bir tasnif ise yüklenilen KDV’nin indirilip indirilememesi ile ilgilidir. İstisna konu işlemlerin bir kısmında (bu işlemi gerçekleştiren) mükellefler, yüklendikleri KDV’yi indirim hakkına sahip iken, bazı istisnalar açısından ise mükelleflere böylesi bir hak tanınmamış bulunmaktadır. Mükellefe indirim hakkı tanıyan istisnalar arasında ihracat istisnaları, ithalata ilişkin istisnalar, uluslar arası taşımacılığa ilişkin istisnalar, diplomatik, uluslar arası ilişkiler ve askeri ilişkilere ilişkin istisnalar, dış ticarete ve üye ülkeler arası ticarete ilişkin istisnalar ile diğer işlemlere ilişkin istisnalar başlıkları altında ele alınabilecek çok sayıda istisna bulunmaktadır. Mükellefe indirim hakkı tanımayan istisnalar arasında, kamusal yararı bulunan istisnalar, üye ülkeler arası ticarete ilişkin istisnalar, ithalata ilişkin istisnalar ile dış ticarete ilişkin istisnalar başlıkları altında ele alınabilecek çok sayıda istisna sayılabilir.
Regulations including exemptions in terms of practice of VAT are explained in various articles of the Directive No. 2006/112. On examining totally the provisions of these articles that regulate the exemptions, it is seen that some member states have to apply some exemptions and a freedom to apply some exemptions or not is granted to states. Another classification that may be performed at this point regarding the practice of exemption is in relation with whether the input VAT should be deducted or not. For some of the transactions subject to exemptions, the taxpayers (performer of the transaction) are granted to deduct the input VAT, on the other hand, for some exemptions, taxpayers aren’t granted such a right. The exceptions granting right of deduction to the taxpayer include many exemptions to be discussed under the titles of exemptions on export, import, international transportation, international relations and military relations, foreign trade and the trade between the member states, as well as the diplomatic exemptions and the exemptions on other processes. The exceptions that can be discussed under the titles of exemptions having no public benefit, and the exceptions on trade between the member states, on import and foreign trade can be considered as the exceptions not granting right of reduction to the taxpayer.