Özel sektöre sağlanan en önemli teşviklerden olan Ar-ge indirimi genel olarak 5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun, 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanununda düzenlenmiştir. Teşvik mekanizması, şirketlerin kendi işletme bünyelerinde ve belli şartlar altına ortak proje ve üniversiteler ile birlikte yaptıkları Ar-ge ve yenilik harcamalarının tamamının amortisman yoluyla itfa edilmesi veya doğrudan gider yazılmasının yanında ayrıca kurumlar vergisi mükellefleri için kurum kazancının ve gelir vergisi mükellefleri için ticari kazancın tespitinde beyanname üzerinde indirim yapılmasına dayanmaktadır. Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığınca üniversite – sanayi işbirliğinin kurumsallaştırılarak bilimsel teknolojik bilgi birikiminin artırılması amacıyla yürütülen Sanayi Tezleri Programı (San-Tez) kapsamındaki faaliyetlerde Ar-ge faaliyetidir. Dolayısıyla bu projelerde yer alan şirketlerin Ar-ge indirim mekanizmasından yararlanması gerekir. Ancak Bursa Vergi Dairesince verilen müktezada Ar-ge indiriminden yararlanılabilmesi için sayılan şartlar Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığınca getirilen şartlarla örtüşmemektedir. Şirketler ancak proje sonunda gayri maddi hakka sahip olurlarsa yaptıkları harcamalar gayri maddi hakkın maliyet bedeli olmaktadır. Bu durumda şirketler hem ar-ge indiriminden yararlanamamakta hem de harcamalarını amortisman yoluyla itfa edememe veya doğrudan gider yazamama riskiyle karşı karşıyadırlar.
R&D reduction, which is one of the most important incentives provided to the private sector, has been generally regulated by the Law no. 5746 on Supporting Research and Development Activities and the Corporate Tax Law no. 5520 . The incentive mechanism is based on the redemption of R&D and innovation expenses that the companies make within their own bodies and under certain conditions through joint projects and with universities by way of amortization or writing them as direct expenses, and also on making reductions in the determination of Corporation earnings for corporate taxpayers, and in the determination of trade earnings for income taxpayers. Activities carried out by the Ministry of Science, Industry and Technology for institutionalizing the university – industry cooperation and for increased scientific technological knowledge within the scope of Industrial Thesis Program (San-Tez) are also regarded as R&D activities. Therefore, companies involved in these projects should also benefit from R&D reduction mechanism. However, in the ruling given by Bursa Tax Office, the conditions listed for benefiting from the R&D reduction do not correspond to the conditions set forth by the Ministry of Science, Industry and Technology. Only if the companies possess intangible rights at the end of the project, the expenses they make are regarded as the cost value of the intangible right. In this case, the companies cannot benefit from the R&D reduction and moreover, they are faced with the risk of not being able to redeem their expenses by way of amortization or writing them as direct expenses.